Único vs lote
Pra uma instância: botão direito → Delete. Pra várias: segure Ctrl (Cmd no macOS) e clique em cada instância pra multisseleção, depois botão direito e escolha Delete Selected. Um modal diferente (ConfirmBatchInstanceDeletion) lista tudo que você vai apagar e mostra uma barra de progresso.
O que é apagado
Tudo na pasta da instância: mods, configs, mundos, prints, options.txt, resource packs, shader packs, logs, crash reports. A linha no banco que rastreava a instância é removida. A instância some da Library.
O que fica
Fora da pasta da instância: nada da instância sobrevive. Mas os assets e libraries *compartilhados* do Minecraft (no runtime path, não na instância) ficam porque outras instâncias ainda podem precisar. Idem pras instalações de Java. Suas contas, settings do launcher e outras instâncias não são afetadas.
Dá pra desfazer?
O GDLauncher em si não tem Lixeira ou Recently Deleted, mas manda a pasta da instância pra lixeira do SO por padrão. A configuração que controla isso é Settings → General → Delete through Recycle Bin, ligada por padrão. Ligada: instâncias apagadas vão pra Lixeira do Windows, Trash do macOS, ou a lixeira do seu desktop Linux, e dá pra restaurar com as ferramentas padrão do SO. Desligada: arquivos são removidos direto e não dá pra recuperar. A linha do banco que rastreava a instância some de qualquer jeito. Se você restaurar a pasta da lixeira, precisa reimportar via Library → + → Import Instance → legacy GDLauncher (ou na mão, dependendo de como o launcher resolve a órfã). Pra backups intencionais antes de mudanças arriscadas, veja Como duplicar uma instância, ou copie a pasta da instância pra fora do runtime path pelo gerenciador de arquivos do SO.
Mundos e saves
Os mundos em instance/saves/ vão junto. Se quer manter um mundo mas apagar a instância, copie saves/<nome-mundo> pra fora da pasta antes de apagar. Depois pode iniciar uma nova instância e jogar o mundo de volta no saves/ dela. O Minecraft reconhece.
Se a exclusão falhar
Raro, mas acontece, normalmente porque um arquivo ainda está travado por outro processo. O modal mostra o erro. Feche o Minecraft se estiver rodando (ele trava arquivos da instância), feche editores de texto com arquivos abertos da instância, e tente de novo. Em último caso, saia do GDLauncher inteiro, apague a pasta da instância manualmente pelo gerenciador de arquivos do SO, e no próximo start o GDLauncher limpa a linha órfã do banco.