Qué vas a encontrar
La carpeta donde aterrizas es la raíz de la instancia. Dentro, dos capas: un logs/ arriba para los logs de sesión por instancia del launcher, y una subcarpeta instance/ que es el directorio de juego real de Minecraft. Ver Anatomía de una carpeta de instancia para el layout completo. La mayoría busca instance/saves/ (mundos), instance/screenshots/ (F2 en juego) o instance/config/ (configs de mods).
Qué puedes cambiar con seguridad
Mundos: saca carpetas para backup o méte una descargada para importar un mundo. Capturas: assets puros, copia a tu gusto. Configs de mods: edita config/<modid>.toml a mano, la mayoría de mods recargan al siguiente lanzamiento. options.txt: settings del cliente Minecraft, editable como texto plano. Resource packs / shader packs: mete o saca a mano si prefieres no usar la pestaña Addons.
Qué evitar cambiar
level.dat dentro de un mundo: codificado en NBT, corromperlo mata el mundo. Region files en region/ de un mundo: igual, binario NBT, edita solo con herramientas adecuadas (NBTExplorer, MCEdit). JARs de mods en instance/mods/ si la instancia es un modpack bloqueado: el launcher no se enterará de los cambios manuales y la pestaña Addons quedará inconsistente.
Subcarpetas útiles de un vistazo
instance/saves/ tus mundos. instance/screenshots/ capturas F2 en juego. instance/mods/ JARs de mods. instance/config/ settings de mods. instance/resourcepacks/ resource packs. instance/shaderpacks/ shader packs. instance/datapacks/ data packs globales. instance/logs/ logs de sesión de Minecraft (lado juego). instance/crash-reports/ crash dumps de Minecraft. logs/ (un nivel arriba) logs de sesión de GDLauncher.
Cuando el launcher está corriendo
Puedes navegar por la carpeta de la instancia mientras GDLauncher está corriendo, incluso mientras Minecraft está corriendo. Editar archivos de config en plena sesión va bien para la mayoría de mods (recargan al relanzar). No edites archivos de mundo (level.dat, region files) mientras Minecraft tiene el mundo abierto, causarás corrupción.