Ce que tu vas trouver
Le dossier où tu atterris est la racine de l'instance. Dedans, deux niveaux : un logs/ au sommet pour les logs de session par instance du launcher, et un sous-dossier instance/ qui est le vrai répertoire de jeu Minecraft. Voir Anatomie d'un dossier d'instance pour la disposition complète. Le plus souvent on cherche instance/saves/ (mondes), instance/screenshots/ (F2 en jeu) ou instance/config/ (configs de mods).
Ce que tu peux changer sans risque
Mondes : copie des dossiers vers l'extérieur pour backup ou vers l'intérieur pour importer un monde téléchargé. Screenshots : assets purs, copie à volonté. Configs de mods : édite config/<modid>.toml à la main, la plupart des mods rechargent au prochain lancement. options.txt : settings client Minecraft, éditable en texte brut. Resource packs / shader packs : glisse dans ou hors à la main si tu préfères ne pas utiliser l'onglet Addons.
Ce qu'il vaut mieux ne pas toucher
level.dat dans un monde : encodé NBT, la corrompre tue le monde. Region files dans le region/ d'un monde : pareil, binaire NBT, à éditer uniquement avec les bons outils (NBTExplorer, MCEdit). JARs de mods dans instance/mods/ si l'instance est un modpack verrouillé : le launcher ignorera les changements manuels et l'onglet Addons sera incohérent.
Sous-dossiers utiles en un coup d'œil
instance/saves/ tes mondes Minecraft. instance/screenshots/ screenshots in-game F2. instance/mods/ JARs de mods. instance/config/ settings de mods. instance/resourcepacks/ resource packs. instance/shaderpacks/ shader packs. instance/datapacks/ data packs globaux. instance/logs/ logs de session Minecraft (côté jeu). instance/crash-reports/ crash dumps Minecraft. logs/ (un niveau au-dessus) logs de session GDLauncher.
Quand le launcher tourne
Tu peux parcourir le dossier de l'instance pendant que GDLauncher tourne, et même pendant que Minecraft tourne. Éditer des configs en pleine session est ok pour la plupart des mods (rechargement au relancement). N'édite pas les fichiers de monde (level.dat, region files) tant que Minecraft a le monde ouvert, tu causerais de la corruption.