O que você vai achar
A pasta que abre é a raiz da instância. Dentro, duas camadas: um logs/ no topo pros logs de sessão por instância do launcher, e uma subpasta instance/ que é o diretório real de jogo do Minecraft. Veja Anatomia de uma pasta de instância pro layout completo. A maioria procura instance/saves/ (mundos), instance/screenshots/ (F2 in-game) ou instance/config/ (configs de mod).
O que dá pra mudar com segurança
Mundos: copie pastas pra fora pra backup ou pra dentro pra importar um mundo baixado. Prints: assets puros, copie à vontade. Configs de mod: edite config/<modid>.toml na mão, a maioria dos mods recarrega no próximo lançamento. options.txt: settings de cliente Minecraft, editável como texto puro. Resource packs / shader packs: arraste pra dentro ou pra fora se preferir não usar a aba Addons.
O que evitar mudar
level.dat dentro de um mundo: codificado em NBT, corromper mata o mundo. Region files em region/ de um mundo: igual, binário NBT, edite só com ferramentas adequadas (NBTExplorer, MCEdit). JARs de mod em instance/mods/ se a instância é um modpack bloqueado: o launcher não vai saber de mudanças manuais e a aba Addons fica inconsistente.
Subpastas úteis de relance
instance/saves/ seus mundos. instance/screenshots/ prints F2 in-game. instance/mods/ JARs de mod. instance/config/ configs de mod. instance/resourcepacks/ resource packs. instance/shaderpacks/ shader packs. instance/datapacks/ data packs globais. instance/logs/ logs de sessão do Minecraft (lado jogo). instance/crash-reports/ crash dumps do Minecraft. logs/ (um nível acima) logs de sessão do GDLauncher.
Quando o launcher está rodando
Você pode navegar pela pasta da instância enquanto o GDLauncher está rodando, e mesmo enquanto o Minecraft tá rodando. Editar configs no meio da sessão tá ok pra maioria dos mods (recarregam no relançamento). Não edite arquivos de mundo (level.dat, region files) enquanto o Minecraft tem o mundo aberto, vai causar corrupção.